Faire le lien entre la structure et la fonction d’une molécule de l’inflammation grâce à un logiciel de visualisation moléculaire

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  Visualiser la molécule

  Ouvre le fichier .pdb avec un logiciel du type RasTop ou RasMol.
  

  • Ex. : association entre le CMH et un peptide du virus de la grippe saisonnière.

  
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  Visualiser la structure globale de la molécule

  Modifie le type de visualisation en choisissant les rubans (ou cartoons) à la place des fils de fer.

  
• 2

  Différencier les structures fonctionnelles de la molécule

  Modifie le type de coloration en choisissant la coloration par chaîne.
  

  • Tu peux modifier directement la couleur de certaines chaînes pour bien les différencier (ex. : chaîne rouge dans ce cas-là).

  
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  Distinguer les interactions et zones moléculaires importantes

  • Repère la région où plusieurs molécules sont présentes (donc de couleurs très différentes).
  • Sélectionne la molécule qui semble intéressante et affiche-la avec un autre type de structure. Ex. : les boules au lieu des rubans.

  
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  Conclure sur le lien entre structure et fonction

  Décris la structure mise en évidence puis relie-la à la fonction de la molécule.
  

  • Ici, le CMH sert à présenter un antigène (en boules vertes).
  • Le CMH possède donc une « corbeille » moléculaire où l’antigène vient se nicher.
  • Cette corbeille est ouverte ce qui permet de rendre l’antigène accessible aux cellules de l’immunité adaptative.