Lire un arbre phylogénétique

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Repérer la position des espèces dans le temps
L’axe des temps est vertical, du bas vers le haut. il faut repérer la position des espèces par rapport à cet axe : plus une espèce est haute plus elle est récente.

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Repérer les nouveaux caractères au cours du temps
Les nouveaux caractères (ou innovations évolutives) se situent entre les noeuds. Les branches de l'arbre correspondent à l'évolution de ces caractères.
Ex. : Le caractère yeux/bouche est apparu avant les vertèbres, ensuite ce sont les membres charnus munis de doigts puis les poils.
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Distinguer les ancêtres communs hypothétiques
Les ancêtres communs se situent toujours au niveau des nœuds et sont toujours hypothétiques (en particulier, ils ne correspondent pas à des fossiles !). Un ancêtre commun transmet les caractères dont il hérite à toute sa descendance.
Ex. : l’ancêtre commun 1 situé au niveau du nœud 1 est celui qui a possédé le premier des yeux et une bouche, c’est l’ancêtre commun à toutes les espèces de l’arbre.
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Décrire un ancêtre commun
Il faut recenser tous les caractères communs à l’ensemble des descendants de cet ancêtre commun.
Ex. : l’ancêtre commun 4 possède des yeux et une bouche, des vertèbres, des membres et des poils alors que l’ancêtre commun 3 possède des yeux et une bouche, des vertèbres, des membres mais pas de poils.
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Conclure sur les liens de parenté
Les espèces qui sont proches sur l'arbre ont une parenté plus grande/sont plus proches que celles qui sont éloignées. Si on considère 3 espèces, les deux espèces les plus étroitement apparentées sont celles qui ont un ancêtre commun qu'elles ne partagent pas avec la troisième espèce : il existe un ancêtre commun exclusif à ces deux espèces.
Ex. : le rat et l’homme ont un ancêtre commun exclusif (nœud 4) qu’ils ne partagent pas avec la grenouille. Ces deux espèces sont les plus étroitement apparentées.